Pas vendimit të Gjykatës së Posacme, Ilir Beqaj ka dhënë dorëheqjen nga detyra e drejtorit të Agjencisë Shtetërore të Programimit Strategjik dhe Koordinimit të Ndihmës.
Kjo agjenci ishte në varësi të kryeministrit dhe menaxhonte ndihmat e huaja.
Ai e mbante detyrën që nga viti 2021, kur nuk mundi të fitonte një mandat deputeti në qarkun e Shkodrës.
Ai ka qenë deputet në viter 2009-2013 vit kur u bë edhe ministër i shëndetësisë.
Ai është anëtar i kryesisë së PS.