Kur ai mbërriti në Bergamo Atalanta nuk ishte në këto nivele. Berat Gjimshiti zbarkoi në veri të Italisë, edhe pse luante në shtetin ngjitur që ishte Zvicra, si pjesë e Zyrihut, në 18 janar të vitit 2016 firmos për ekipin bluzi.
Një mbrojtës shtatlartë që debutimin do ta bënte disa muaj më vonë, saktësisht në maj kundër Napolit, ndërsa luajti edhe dy ndeshjet e fundit, po 90 minuta, në atë kohë trajner ishte Edoardo Reja, i cili më vonë do të merrte edhe drejtimin e Kombëtares shqiptare. Sezoni për Atalantën u mbyll në vendin e 13-ë, me pak pikë sipër zonës së ftohtë, një vit ku luftonin për mbijetesë. Pas largimit të Rejës, drejtimin e merr Xhanpiero Gasperini, ndërsa Gjimshiti huazohet tek Avelino në Serinë B.
Berati luan 35 ndeshje dhe kthehet sërish tek Atalanta, por hapësirat nuk gjenden ende, pasi në rolin e tij në ekip janë: Mazielo, Zukanoviç, Toloi dhe i riu Kaldara. Në atë kohë, te bergamaskët në portë ishte Etrit Berisha. Kështu, klubi vendos që ta dërgojë te Benevento, e cila garonte në Serinë A, por sërish në huazim. Pas një sezoni shumë të mirë, Gasperini bindet që Gjimshiti ka vend në ekip. E nis titullar tri ndeshjet e para dhe më pas ulet në stol, për t’u rikthyer 8 ndeshje më pas kundër Interit, ku gjen edhe golin e parë me fanellën e Atalantës në fitoren 4-1. Atë vit luan 24 ndeshje dhe arrijnë që të kualifikohen në Ligën e Kampioneve për herë të parë në historinë e klubit.
LIGA E KAMPIONEVE Ëndrra vazhdon dhe Gjimshiti kthehet në një titullar fiks me trajner Gasperinin dhe në sezonin 19-20, e mbyllin Serinë A në vendin e tretë dhe shkojnë deri në çerekfinale të Ligës së Kampioneve, ku eliminohen nga PSG-ja. Mbrojtësi i Kombëtares shënon edhe dy gola. Edhe sezoni pasardhës i sheh bluzinjtë sërish në Ligën e Kampioneve, me “Xhimin” që luan 46 ndeshje, në tri kompeticione të ndryshme.
MOMENTI I VËSHTIRË Sezoni 2021-2022 nuk ishte ai që pritej. Rënia filloi të ndihej dhe Atalanta e mbyll në vendin e tetë dhe jashtë Europës, teksa Gjimshiti pëson edhe një dëmtim në krah, por pa munguar gjatë. Sezoni i kaluar ishte pozitiv për Atalantën, por jo shumë për Gjimshitin të cilin e penalizon një dëmtim i rëndë në këmbë, duke pësuar një frakturë të fortë te fibula që në ndeshjen e dytë. Rikthehet pas dy muaj e pak dhe luan për gjithë pjesën e mbetur të sezonit. Atalanta kualifikohet në Ligën e Europës sepse renditet e pesta në Serinë A.
SUKSESI Pas gjashtë sezonesh që luan rregullisht dhe duke arritur mbi 200 ndeshje me Atalantën, ky vit u konkludua me dy suksese të mëdha për 31- vjeçarin. Me plot eksperiencë mbi supe, Gjimshiti udhëheq si kapiten Kombëtaren shqiptare drejt kualifikimit për në Europian dhe trofeu i parë ndërkombëtar në historinë e Atalantës u fitua mbrëmjen e së mërkurës, kundër Leverkusenit, ku Berati ngriti trofeun lart. Me pak fjalë, mund të themi se Berat Gjimshiti është lojtari i momentit shqiptar në botë dhe të gjithë e presin ta shohin të mbrojë Kombëtaren e tij kundër Italisë, Kroacisë dhe Spanjës